אביו: ר' חיים יוסף דוד [החיד"א].
בנו: ר' משה (בעל "זכרון משה").
אחיו: ר' אברהם.
סבא: ר' רפאל יצחק זרחיה (מצד אביו).

בנו הבכור של החיד"א נולד בשנת ה'ת"ק לערך.
בשנת ה'תק"ם יצא לאירופה כשד"ר [שליח דרבנן] מטעם קהילת היהודים בטבריה ובשנת ה'תקמ"ז בעת שהותו באמסטרדם (הולנד) נתבקש לכהן כרב הקהילה באנקונה (איטליה). בשנת ה'תקמ"ח הגיע לאנקונה ובשנת ה'תקנ"ו סרב להזמנת קהילת סיינה (איטליה) לכהן כרב הקהילה ונשאר באנקונה עד שבשנת ה'תקפ"ו השיב את נשמתו ליוצרה.