אביו: ר' שמואל.
אמו: רחל.
אשתו: שולמית רחל.
בניו: המקובל רבי בניהו יששכר, המקובל רבי מאיר דוד, המקובל רבי שמואל.
בנותיו: גילה (בעלה רושאן), חדוה (בעלה ר' אהרן טוטיאן), עמליה, שפרה אביטל (בעלה ר' מרדכי טוביאן).
אחיו: אליהו, ציון.
אחיותיו: אביגיל, מרים ושרה (בעלה שמעון שבח).
סבא: ר' יששכר (מצד אביו), המקובל רבי שמואל (מצד אמו).
סבתא: בת שבע (מצד אביו), לאה (מצד אמו).
מורו: המקובל רבי מרדכי שרעבי.
מתלמידיו: המקובל רבי דוד הכהן.
נולד בג' אלול ה'תרע"ח בעיר יזד (איראן) למשפחה מיוחסת של חכמים ומקובלים.
בגיל חודש עלה עם משפחתו לארץ ישראל בעקבות נדר שאמו נדרה לאחר שכמה מילדיה נפטרו בקטנותם.
מילדותו שקד על לימוד התורה.
נשא לאשה את בתם של מזל ור' נחמיה עזרא מזרחי ולפרנסתו פתח ברחוב אגריפס בית מלאכה לסנדלרות. כאשר ראה כי יש מספיק אוכל בביתו הפסיק את העבודה על מנת לשקוד על לימוד התורה ולקראת חג הסוכות מכר בסנדלריה גם אתרוגים, הדסים ולולבים ורבים מגדולי ישראל הגיעו לקנות אצלו.
בכ"ה אדר ה'תש"ל נפטרה בתו (עמליה) בגיל 17 לערך.
כל יום התעורר בשעות הבוקר המוקדמות והתפלל מתוך סידור הרש"ש [המקובל רבי שלום מזרחי שרעבי] עם כוונות וייחודים. התעמק בלימוד הקבלה בישיבת "נהר שלום" בירושלים והיה רגיל ללמוד ולשנן את "הקדמת מלביש ערומים" לספר "נהר שלום" [של הרש"ש]. מורו (המקובל רבי מרדכי שרעבי) שהבחין בבקיאותו בתורת האר"י [רבי יצחק לוריא אשכנזי] והרש"ש כינה אותו "כתר הישיבה" מינה אותו לשליח ציבור ובראש השנה לתוקע עם כוונות הרש"ש ומעת לעת הטיל עליו שליחויות מיוחדות עבור הישיבה. על אף שהתפרנס בדוחק לא הסכים לקבל מהכספים שחילקו לתלמידי הישיבה וחי בעוני. לאחר פטירת מורו (המקובל רבי מרדכי שרעבי) בכ' חשון ה'תשמ"ד מונה במקומו ובהתאם לצוואתו כראש ישיבת המקובלים "נהר שלום" וגם אז לא נהנה מכספי הישיבה. הרחיב את מבנה הישיבה ואת מספר התלמידים, כל חודש דאג להשיג את המשכורות עבור האברכים, ייסד בית תמחוי והוצאת ספרי קודש ופעל להפצת הלימוד בספר הזוהר. מסר שיעורים בספר הזוהר ובספר "פרי עץ חיים" כשהוא מצטט את הכתוב בספרים בעל פה. נמנה על ל"ו צדיקים נסתרים וכונה "הסבא קדישא" אולם בענוותנותו ברח מכל פרסום, לא הסכים שיעניקו לו שום גינוני כבוד ופעמים רבות הלך לבדו לקנות ירקות ומאכלים בשוק.
פרש מתענוגות העולם, מיעט בשינה ובדיבור ונודע כבעל רוח הקודש. דאג לחינוך ילדיו ונכדיו בדרכי נועם, נהג לשנן בפניהם ארבע מילים שהיו שגורות בפיו של המקובל רבי מרדכי שרעבי 'עול יסבול ולא יבול' ודי היה במבט שלו בכדי לא לעשות נגד רצונו אולם גם כאשר נעשה דבר נגד דעתו או שמע דיבורים שלא לרוחו לא פצה את פיו. ערך תעניות ולאחר שזוגתו חששה לבריאותו ופנתה למקובל רבי מרדכי שרעבי נאלץ למעט בתעניותיו בהתאם להוראתו. קצת אחרי חצות הלילה טבל במקווה גם בימי החורף הקרים, ערך "תיקון חצות" והתפלל על צער השכינה, על עם ישראל בכללות ועל הזקוקים לישועה בפרטות, על הגלות ועל בניין בית המקדש. כשעתיים לפני הנץ החל להתכונן לתפילת שחרית, באופן קבוע התפלל סמוך להיכל, את תפילת "שמונה עשרה" התפלל קרוב ל – 40 דקות ובחזרת הש"ץ עקב בסידור אחר כל תיבה כאילו מתפלל בעצמו. לאחר התפילה התיישב במקומו הקבוע מימין למקומו של המקובל רבי מרדכי שרעבי בסמוך לכניסה לבית המדרש ונזהר מאוד ללמוד ברצף ללא הפסקה לשום עניין "חוק לישראל", רמב"ם, טור ו"בית יוסף" וכל בוקר ערך פדיון נפש עם 160 מטבעות מכסף טהור. לפת שחרית אכל מזונות עם כוס תה או לחם עם ירק, המשיך ללמוד בדרך כלל בספר הזוהר ובמשך שעות עמד בריכוז עצום וערך ייחודים מבלי להרגיש בסובבים אותו. בשעה 13:00 לערך שב לביתו לארוחת צהרים עם זוגתו ולאחר שנח מעט שב בשעה 15:00 לישיבה למסור שיעור בספר "עץ חיים" [לרבי חיים ויטאל]. דאג שכל יום אחר הצהריים יגיעו ילדים ללמוד בישיבה ולהתפלל על עם ישראל. לתפילת מנחה התעטף בטלית והניח תפילין "שמושא רבה", לאחר תפילת ערבית למד בחבורה או ביחידות "תלמוד בבלי" והלכות מוסר ורק לאחר השעה 22:00 שב לביתו, אכל מעט, שוחח עם זוגתו, הגה ספרי מוסר וקרא "קריאת שמע" מתוך סידור עם כוונות הרש"ש. בשבת בבוקר לאחר שהתפלל בנץ נהג ללמוד עם תלמידיו במשך 4 שעות רצופות ורק לאחר מכן שב לביתו לערוך סעודת שבת, בכל אחת מסעודות השבת נתן לבניו ולבנותיו ולנכדיו לקרוא את דברי המוסר שלמד במהלך השבוע ב"חוק לישראל" ותמיד ליווה אותם בצאתם מביתו. מעולם לא נסע לחופשה, כמעט ולא השתתף באירועים משפחתיים ואכל רק מבישולי זוגתו. מיד לאחר שהשתתף בלוויה טבל במקווה ולעיתים ערך "תיקון לנפטרים". סייע לנזקקים ובמשך תקופה ארוכה שלח בימי חמישי לרכוש דגים ומצרכים לכבוד שבת עבור תלמידי חכמים. ביום הכיפורים נהג לעמוד במהלך כל התפילות וכל שנה העניק לאדמו"ר מבעלזא אתרוגים לחג הסוכות.
בכ"ז אלול ה'תשע"ט נפטרה זוגתו ונטמנה בבית החיים סנהדריה בירושלים.
בשנת ה'תשפ"ד נחלש מאוד, בחודש סיון אושפז בבית הרפואה "שערי צדק" בירושלים ובשבת בבוקר השיב את נשמתו ליוצרה.
תמונת הצדיק באדיבות בנו – הרב שמואל שמואלי שליט"א