אביו: ר' רחמים.
אמו: עמאם.
אשתו: גורג'יי.
בנו: מנחם ישראל.
בתו: רחל.
אחיו: המקובל ר' אברהם חיים, ר' אליהו ששון, ר' דוד יוסף, ר' יעקב חי, הראשון לציון רבי יצחק נסים (בעל "יין הטוב") ושלמה ציון הי"ד.
אחיותיו: חנה, רבקה ושרח.
סבא: ר' שלמה (מצד אביו).
מורו: המקובל רבי חיים שאול דוויך הכהן (בעל "איפה שלמה").
מתלמידיו: ר' עזרא עטיא (בעל "עלה עזרא").
נולד בל' ניסן ה'תרל"ו בבגדד (עיראק).
מילדותו שקד על לימוד התורה ונודע בכישרונותיו המיוחדים, מידותיו הנעלות ובקיאותו בתלמוד הבבלי והירושלמי ובחיבורי הפוסקים הראשונים והאחרונים. בגיל צעיר החל להתכתב עם חכמי דורו בחידושי תורה ושו"ת [שאלות ותשובות] ובגיל 15 כבר הכתירו אותו בתארים נכבדים.
בחודש אייר ה'תרס"ד עלה לארץ ישראל יחד עם ר' יעקב חיים סופר (בעל "כף החיים") ור' צדקה חוצין [השני], כעבור 39 ימים הגיע לארץ ישראל, השתטח על קברי צדיקים בחברון, ירושלים, טבריה וצפת והתיישב בירושלים.
בשנת ה'תרס"ה נשא לאשה את בתו של ר' יעקב מנצור והתרחק מכל ענייני העולם. התעמק יומם וליל בלימוד תורת הנסתר ולימד בישיבת "שושנים לדוד". כתב הערות על פירושי ר' יהונתן הכהן מלוניל על מסכתות שבת, ראש השנה, יומא וסוכה, דרשות על התנ"ך [תורה, נביאים, כתובים], פירוש על הגדה של פסח בדרך פרד"ס [פשט, רמז, דרש, סוד], חידושים על מסכתות הש"ס, ביאורים לספר "זבחי צדק" (לר' עבדאללה עובדיה סומך).
לאחר שחלם כי אשתו התעברה בנקבה ובמהלך 40 יום התפלל שיהפוך לזכר נולד בנו הבכור בכ"ח תמוז ה'תרס"ו אולם כעבור 54 ימים בכ"ב אלול נפטר.
בכ"א תשרי ה'תרס"ח נולדה בתו היחידה.
סבל מחוליים וייסורים רבים ובליל שני של ראש חודש אדר ראשון ה'תרס"ח השיב את נשמתו ליוצרה.
מספריו:
• הללי נפשי: על ספר תהילים
• כנסת יחזקאל