אביו: ר' אליהו.
אמו: חנה ["לאלה חנו"].
אשתו: מסעודה [לאלה עיזו] (בזיווג ראשון), עזיזה (בזיווג שני).
בניו: מזיווג ראשון – ר' יוסף [דומ"ץ אוג'דה ופאס הרב הראשי של יבנה]. מזיווג שני – ישראל ועמרם.
בנותיו: מזיווג ראשון – אסתר (בעלה מאיר תורג'מן), חנה (בעלה דוד שטרית), פרחיה (בעלה ר' מסעוד אביחצירא) ורחמה (בעלה ר' שמעון תורג'מן). מזיווג שני – ג'רמאן (בעלה אהרן אביחצירא) ומרים (בעלה גרשון פריבר).
אחיו: ר' אהרן ור' מסעוד.
אחותו: מסעודה (בעלה ר' יחיאל תורג'מן).
סבא: ר' אהרן (מצד אביו).
סבתא: אסתר (מצד אביו).
מוריו: ר' יחיא אדהאן (בעל "אני לדודי"), ר' יצחק אביחצירא (בעל הפיוט "אעופה אשכונה"), ר' מסעוד אסרף, ר' משה תורג'מן ["בבא סי"].
נולד בשנת ה'תרנ"ד בתאפילאלת (מרוקו) ונקרא על שם ר' מכלוף בן יוסף אביחצירא [נכדו של ר' שמואל אלבז ראש שושלת אביחצירא].
מילדותו שקד על לימוד התורה וניכר בפיקחותו ובכישרונותיו המיוחדים. בגיל 10 החל ללמוד גמרא יחד עם ר' ישראל אביחצירא [אח של אביו]. בגיל 11 למד בחברותא עם ר' שלום אביחצירא (בעל "מליץ טוב") [אח של אביו] ועם ר' שמואל אביחצירא [אח של אביו] ונשא לאשה את בתו של ר' שלמה אזרואל. מגיל 12 למד במשך כ- 7 שנים אצל ר' יחיא אדהאן בעיקר בספרי מוסר ומשנת ה'תרע"ד לערך שקד על לימוד התורה בישיבה בראשות ר' משה תורג'מן ["בבא סי"].
כל לילה התעורר בחצות לאמירת "תיקון חצות" וכל יום שישי בהשכמה טבל במקווה. לאחר שר' דוד אביחצירא ["בבא דאו"] הוצא להורג בי"ד כסלו ה'תר"ף ברח עם משפחתו לעיר ארפוד (מרוקו), כיהן לצד אביו כמו"ץ [מורה צדק] ולאחר פטירת אביו בכ"ו תשרי ה'תרפ"ה החל לכהן במקומו כרב הראשי בעיר ארפוד.
הקים מקוואות טהרה לנשים, ייסד חברת לומדי תהילים וחיזק את כל ענייני הדת. בשנת ה'תש"ב מונה על ידי השלטון לרב הקהילה היהודית בעיר בני מלאל (מרוקו), בעיר קסבה טדלה (מרוקו) ובעיר בוז'עד (מרוקו). פעל להקמת תלמודי תורה וכמעט כל יום הגיע לבדוק ולהשגיח על מצב התקדמות התלמידים. בשנת ה'תש"ט מונה לסגן אב בית הדין העליון של מרוקו בעיר קזבלנקה אולם כעבור שנה התפטר מתפקידו ומונה לרב הראשי וראב"ד [ראש אב בית דין] בעיר מרקש (מרוקו).
דאג לחינוך הילדים על טהרת הקודש, ניצל את קשריו הטובים עם בית המלוכה על מנת לסייע ליהודי מרוקו והציל יהודים רבים מנישואי תערובת. נמנה על מייסדי "מועצת רבני מרוקו" שהייתה מוכרת על ידי ממשלת מרוקו ומטרתה לתיקון חיי החברה והדת במרוקו והשתתף בחלק מהאספות. בשנת ה'תשי"ב הגיע לארץ ישראל להשתטח על קברי צדיקים. בשנת ה'תשי"ג קיבל ממלך מרוקו את אות הכבוד "ויסאם עלאווי". כאשר מלך מרוקו שב מגלותו באי מדגסקר בשנת ה'תשט"ו נמנה על משלחת של ארבעה רבנים [ר' חיים סירירו, ר' שאול אבן דנאן ור' שלום משאש] מטעם הממשלה הצרפתית שהגיע להקביל את פניו בחזרתו לשבת על כסאו והמלך קיבלם בכבוד גדול. בשנת ה'תשכ"ד שוב הגיע לארץ ישראל להשתטח על קברי צדיקים.
בסוף חודש אלול שנת ה'תשכ"ה הותיר את רוב רכושו במרוקו, עלה לארץ ישראל והתיישב בירושלים. לאחר פטירת בנו (עמרם) בחודש אדר שנת ה'תש"ל עבר לאשדוד וכיהן כרב קהילת "אביר יעקב".
לאחר פטירת נכדו הקטן (אבנר) הסתגר בביתו ובריאותו נפגעה.
בליל שבת ה'תש"ם השיב את נשמתו ליוצרה.
מספריו:
• מאין יבוא
• מכלל יופי
• קהילת יעקב
תמונת הצדיק והמידע באדיבות נכדו –
הרב דוד אביחצירא שליט"א רב העיר יבנה