נולד למשפחת אנוסים מפורטוגל שברחה לצרפת. עבר להתגורר בהולנד וחזר ליהדות בגלוי, כאשר נסע לברזיל אשר הייתה תחת שלטון פורטוגל נתפס והובא לחקירה בליסבון (פורטוגל). במהלך כל העינויים הקשים טען כי מעולם לא נטבל לנצרות היות ובשעת הטבילה אמו החליפה אותו בילד אחר. לאחר שכל הניסיונות להביאו לנצרות לא הועילו נגזר דינו למות בשריפה.
ביום המיועד בשנת ה'שע"א התאספו אלפי אנשים וראשי השלטון בכיכר העיר, ר' יצחק הועלה על המדורה והתאבק עם הלהבות במשך שעות, מדי פעם קפץ מתוך המדורה תוך זעקת 'שמע ישראל' וכאשר סיים את הפסוק הוציא את נשמתו על קידוש ה'.