אמו: מרת רבקה.
אשתו: רבקה (בזיווג שני), ראשה (בזיווג שלישי).
אחיו: ר' שמעון.
מורו: ר' יוסף חיים (הבן איש חי).

נולד בשנת ה'תרי"א בעיר יזד (איראן).
נשא לאישה את נכדתו של הרב אברהם פאלאג'י מאזמיר (טורקיה). לאחר שזוגתו נפטרה נשא לאישה את רבקה למשפחת בארקי ולאחר פטירתה נשא לאישה את ראשה בת ר' חיים דוד צורייאנו.
בשנת ה'תר"ס החל לכהן כרב הקהילה הספרדית בעיר צפת. בחודש מנחם אב במהלך מאורעות ה'תרפ"ט נכנסו ערבים לביתו והתנפלו עליו ועל אשתו ודקרום למוות. ר' ישמעאל שישב בביתו ולמד באותה עת נפטר על קידוש ה' תוך זעקות "שמע ישראל".
הרבנית ראשה שאף היא נפגעה הובהלה לחיפה ונפטרה שם לאחר כמה ימים. נקברה בחיפה אך לא ידוע מיקומו המדויק של הציון עליו נכתב: פ"נ רושא כהן אשת הכהן ראב"ד של צפת הקדוש ר' ישמעאל הכהן ז"ל (בלא ציון התאריך).